تمتع اللاجئون الفلسطينيون في مصر بمعظم الحقوق الرئيسة حتى عام 1978، حين قام فلسطيني باغتيال الكاتب المصري يوسف السباعي، والذي كان صديقاً مقرباً من الرئيس المصري أنور السادات. وحينئذ، قامت الحكومة المصرية بإلغاء جميع الحقوق التي منحت للفلسطينيين سابقاً. وقد حصل القليل من اللاجئين الفلسطينيين الذين يعيشون حالياً بمصر على الجنسية المصرية. ويمنح اللاجئون الفلسطينيون في مصر ثلاثة أنواع من الإقامة: الإقامة الخاصة، والتي تسري لعشر سنوات، والإقامة العادية، والإقامة المؤقتة. ويحمل أغلب الفلسطينيين المقيمين في مصر تصاريح إقامة مؤقتة، وهي تسري لمدد ما بين سنة إلى ثلاث سنوات. وتعتبر مصر الدولة العربية المضيفة الوحيدة التي تطلب من جميع الفلسطينيين أن يجددوا إقامتهم بصفة منتظمة.

ولا يحق للفلسطينيين الذين يحملون وثائق سفر مصرية العودة لمصر بصورة تلقائية، فلا يمنح حق الدخول لمصر بعد الخروج منها مرة أخرى إلا لمن يحمل تأشيرة عودة سارية، والتي يجب الحصول عليها عادة قبل مغادرة مصر. ومنذ أزمة الخليج، في بداية التسعينيات، وما تبعها من هجرة قسرية للفلسطينيين من الكويت، وقد كان ما يزيد على 5000 نسمة منهم يحمل وثائق سفر مصرية، أصبح تجديد تصاريح الإقامة في مصر أكثر صعوبة من ذي قبل. ويحق للاجئين الفلسطينيين في مصر الحصول على وثيقة سفر سارية لمدة خمس سنوات. وتصدر وثائق السفر لهؤلاء الذين لجأوا إلى مصر عام 1948. ويشار انه لم يعد الكثير من حاملي وثائق السفر المصرية يتمتعون بإقامة قانونية في مصر.

ومثلهم مثل الأجانب الآخرين، فإن للاجئين الفلسطينيين في مصر الحق في العمل، ولكنهم يجدون صعوبة في الحصول على تصاريح عمل. حيث يجب على اللاجئين الذين يرغبون في ممارسة مهنة أن يكون لديهم تصريح إقامة ساري وأن يحصلوا على تصريح المزاولة مسبقا والذي تصدره وزارة العمل والتدريب.  ويحكم تقلد الوظائف العامة مبدأ المعاملة بالمثل، أي يحصل الأجنبي ما يحصل عليه المصري في بلد الأجنبي الذي يسعى لمثل هذه الوظائف. ونظراً لأن معظم الفلسطينيين اللاجئين في مصر لا يحملون جنسية أي دولة، فإنه يستحيل أن تشملهم أية اتفاقيات تستند إلى مبدأ المعاملة بالمثل فيما يتصل بالعمل في القطاع العام. ورغم ذلك، فإن حاملي وثائق السفر المصرية الفلسطينيين، والتي تؤيدها تأشيرة سارية، غير تأشيرة السياحة، يستثنون بصفة رسمية، من خضوعهم لقاعدة الأفضلية، الممنوحة للمواطنين المصريين عموما، في التقدم على غيرهم فيما يتصل بفرص التوظيف.

ويعامل اللاجئون الفلسطينيون في مصر معاملة غيرهم من الأجانب فيما يخص التعليم. وعليه فإنه يطلب منهم دفع النفقات الجامعية بالعملة الأجنبية. أما فيما يخص أبناء موظفي الحكومة (بمن فيهم أبناء الموظفين المتقاعدين)، وأبناء الأرامل والمطلقات المصريات، وأبناء الأمهات اللاتي نجحن في اختبارات المدارس العليا (الثانوية وما في مستواها)، والمقيمين إقامة دائمة في مصر، والطلاب الذين يحتاجون لمعونة مالية، فإنه يتم إعفاؤهم من تسعين بالمائة من مصروفات المدارس والجامعات. ومنذ عام 2000، فإن الطلاب الفلسطينيين في المدارس المصرية تم إعفاؤهم من دفع المصروفات نتيجة للضائقة الاقتصادية التي تواجه الفلسطينيين نتيجة للانتفاضة الثانية. أما بخصوص حق التملك، فيتمتع اللاجئون الفلسطينيون بنفس حقوق تملك العقارات التي يتمتع بها الأجانب عموماً. وتنحصر حقوق الملكية في مصر في إمكانية تملك منزل واحد خاص للسكنى، ويمكن امتلاك مشروع أعمال بالمشاركة؛ شريطة أن يتوفر شريك يحمل الجنسية المصرية. ولا يسمح للفلسطينيين، تماما كالأجانب، تملك أراضٍ زراعية أو أراض صحراوية في مصر.

اللاجئون الفلسطينيون في مصر القادمون من سوريا:

تختلف التقديرات لعدد اللاجئين الفلسطينيين القادمين من سوريا في مصر، وهي تتراوح ما بين 7 آلاف إلى 11 ألفا. يتم التمييز ضدهم بطريقة سافرة. فمن جهة ترفض مصر تدخل الانروا لمساعدتهم بحجة عدم رغبتها في انشاء مخيمات فلسطينية على أراضيها. وفي ذات الوقت لا تقوم المفوضية بتسجيلهم لديها او بتقديم المعونة لهم كما هو الحال مع اللاجئين السوريين، وذلك بحجة انهم لاجئو انروا – يخرجون عن نطاق صلاحياتها. يقابل ذلك، امتناع الحكومة المصرية عن مساواتهم باللاجئين السورين، حيث لا ينتفعون بما هو متاح للسوريين من تعليم ورعاية صحية حكومية وغيرها. وفقط تكتفي الحكومة بإصدار تصاريح إقامة مؤقتة ( عادة لثلاثة أشهر) يلزم تجديدها دوريا في حين يمنح اللاجئ السوري غير الفلسطيني الأصل تصريح إقامة مدة عام.

نتيجة الأوضاع المزرية، والتحريض الإعلامي على الفلسطينيين بادعاء مساندة حماس وجماعة الإخوان في مصر، لجأ كثير من اللاجئين الفلسطينيين المتواجدين في مصر إلى المغادرة ولو بطريق غير قانونية.